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Cuenca cuenta con el tercer aeropuerto más importante y amplio del país después de los aeropuertos de Quito y Guayaquil. Dirección: Av. España y Elia Liut. Los vuelos locales toman 35 minutos desde Quito y 20 minutos desde Guayaquil para llegar a la ciudad de Cuenca. Existen 3 compañías nacionales que realizan este recorridos casi todos los días de la semana.