La ciudad lleva el nombre de "Santa Ana de los Ríos de Cuenca" en honor a la ciudad de Cuenca en España, lugar de nacimiento del virrey español del Perú, Don Andrés Hurtado de Mendoza, quien fue el que mandó a fundar la ciudad al español don Gil Ramírez Dávalos y al hecho de que, este lugar; en sus accidentes geográficos se parecen mucho a la ciudad española y además cruzan cuatro ríos, que son: el Tomebamba, Tarqui, Yanuncay y Machángara. El resto del nombre proviene de la tradición española de dedicar a las nuevas ciudades a un santo o santa de la iglesia católica, en este caso a Santa Ana.